En la zona controlada por el general Francisco Franco, concretamente en Valladolid, se constituye el Consejo General de Colegios Médicos, disuelto previamente por los republicanos. Una orden firmada por el gobernador general Luis Valdés, en diciembre de 1937, dispone un plazo de noventa días para que Previsión Médica Nacional retome sus actividades según lo dispuesto en su reglamento fundacional. Con todo, la norma admite la excepcionalidad del momento y reconoce su propio carácter transitorio y provisional.

El 26 de marzo de 1938, se reúne el Consejo de Administración de Previsión Médica Nacional, en Valladolid. Preside Enrique Suñer. En enero de 1939, la Previsión dirigida por la Junta de Incautación celebra la que sería su última cita oficial. Tres meses después, la contienda acaba y los vencedores disponen la unificación en Madrid. Suñer mantiene la Presidencia de la nueva Entidad.

El conflicto ha elevado la siniestralidad y ha impedido la normal contribución de los mutualistas, muchos de los cuales han perdido sus derechos. De aplicar a rajatabla su propio reglamento, PMN se enfrenta a su propia disolución como mutualidad. Sin embargo, una orden ministerial de junio de 1942 obliga a PMN “a satisfacer los subsidios de todos los asociados fallecidos desde el 18 de julio de 1936 hasta ahora, cualquiera que fuese la causa de la defunción y la situación en el pago de las cuotas”. Entretanto, Enrique Suñer preside su último Consejo de Administración el 20 de abril de 1941 y fallece poco después. Guillermo Núñez, presidente del Consejo General de Colegios Médicos, le sustituye provisionalmente hasta el nombramiento de Mariano Gómez Ulla, el 23 de octubre de ese mismo año.

El prestigio de PMN se revaloriza al hacer frente a sus muchos compromisos y no defraudar las esperanzas de viudas y huérfanos. Eso sí, el dinero para cubrir todos los siniestros sale de los propios asociados. Las prestaciones alcanzan los 1,7 millones de pesetas en la sección de invalidez y de 38,3 millones en vida. Además de sus fondos propios, PMN recauda entre sus asociados algo más de 13 millones para liquidar la extrasiniestralidad de la Guerra Civil.