Apesar do entusiasmo e sacrifício dos mutualistas e do aprumo e compromisso da Entidade em responder a uma situação quase limite, é evidente que a PMN precisa de uma reforma para a sua adequada atualização, que lhe permita enfrentar de forma eficaz o aumento da mortalidade e partilhar os novos princípios gerais da segurança social. A mudança é ainda mais imperiosa tendo em conta a Lei das Mutualidades, aprovada em dezembro de 1941 e à qual o regulamento da PMN devia necessariamente adaptar-se.

A transformação da Entidade é conduzida por Manuel Bermejillo, um dos presidentes mais longevos. Presente no Conselho há já alguns anos, assume oficialmente a presidência no dia 13 de maio de 1943, após a nomeação feita pela Direção Geral da Saúde, cujo responsável é o doutor Palanca.

A Direção Geral da Previdência permite à PSN fazer todo o tipo de seguros pessoais – que passarão a ser obrigatórios para os mutualistas – e patrimoniais, voluntários. O regulamento posterior também mantém a ligação íntima da PSN aos conselhos gerais e às ordens provinciais dos profissionais de saúde.
Além da atualização institucional, a PSN precisa igualmente de uma reforma técnica que permita adaptar os subsídios e benefícios à nova realidade económica do país e abranja também os problemas relacionados com a doença e a velhice.

Em maio de 1945, a PSN aprova a Secção de Doença, cujo subsídio começa a ser pago no prazo de 30 dias a contar da data em que surgiu o estado patológico objeto de indemnização. A sua duração máxima é de um ano e se nesse prazo o mutualista não tiver recebido alta hospitalar, passa para a cobertura por invalidez. A quota média é de 3,30 pesetas. No que diz respeito à Secção de Velhice, é estabelecida a idade de 70 anos para poder receber o subsídio. Neste momento, a PSN aborda igualmente a melhoria das secções históricas de Invalidez e Vida.